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Für eine kurze Zeit war es denkbar, dass Neustadt die Hauptstadt der Kurpfalz werden könnte - es war ein beliebter Aufenthaltsort des Pfalzgrafen Rudolfs II. Seine Beisetzung in der Neustadter Stiftskirche begründete eine Grablege der Wittelsbacher in Neustadt, in der auch der Gründer der Universität Heidelberg, Ruprecht I., ruht. Nachdem Heidelberg zur Residenzstadt erhoben worden war, zählte Neustadt weiterhin unverzichtbar zur Pfalzgrafschaft bei Rhein. Ein Höhepunkt der Stadtgeschichte waren die wenigen Jahre in der zweiten Hälfte des 16. Jahrhunderts, als es als Teil der Pfalzgrafschaft Pfalz-Simmern ein Zentrum calvinistischen Denkens war; eine calvinistische Universität und die sog. Neustadter Bibel waren das Ergebnis. 1816 gelangte die Stadt mit der linksrheinischen Pfalz an das bis 1918 von den Wittelsbachern regierte Bayern, bis sie nach dem Zweiten Weltkrieg an das neu gegründete Bundesland Rheinland- Pfalz kam.